حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در این دیدار، نگاه جمهوری اسلامی به مردم آذربایجان را در چهارچوب برادری و فراتر از مسئله‌ی دوستی و همسایگی خواندند و گفتند: ثبات سیاسی، امنیت، آرامش و رفاه عمومی مردم آذربایجان برای ما بسیار مهم است و با وجود تفاهم قلبی دو ملت، باید مبادلات اقتصادی و همکاری در بخش‌های مختلف افزایش یابد.
رهبر انقلاب با اشاره به اشتراکات مذهبی مردم ایران و آذربایجان تأکید کردند: اعتقادات اسلامی و شیعی مردم آذربایجان سرمایه‌ی گران‌بهایی است و هر چه دولت نسبت به این مظاهر و عقاید دینی مردم احترام و اقبال بیشتری نشان دهد، پشتیبانی مردم از دولت و مقاومت آنها در مقابل دشمنی برخی ابرقدرت‌ها، بیشتر خواهد شد.
ایشان مقابله با فتنه‌انگیزی گروه‌های تکفیری در میان ملت‌ها را در گروی تقویت فعالیت‌های اسلامی برشمردند و گفتند: منطقه‌ی آذربایجان از لحاظ دینی، ریشه‌دار و خاستگاه برخی علمای بزرگ اسلامی است و مردم آذربایجان نیز مردمی آگاه و هوشیار هستند که تشویق و کمک دولت در فعالیت‌های دینی در گرایش و جلب عواطف آنها بسیار مؤثر است.
حضرت آیت‌الله خامنه‌ای با تأیید اظهارات رئیس‌جمهور آذربایجان درباره‌ی واحد بودن منبع اغلب تهدیدها علیه دو کشور، افزودند: ترویج معارف اسلام و تشیّع موجب جلب نصرت خداوند و عنایت ائمه‌ی اطهار (علیهم‌السلام) در مقابل مشکلات و تهدیدها خواهد شد.
در این دیدار که آقای روحانی رئیس‌جمهور نیز حضور داشت، آقای الهام علی‌اف رئیس‌ جمهوری آذربایجان با اشاره به روابط نزدیک تهران و باکو، مذاکرات خود در کشورمان را بسیار مهم و سازنده خواند و گفت: فرهنگ، دین و تاریخ مشترک، پیوند عمیقی میان ایران و آذربایجان ایجاد کرده است.
وی با اشاره به امضای بیش از ۱۰ سند همکاری میان تهران و باکو، روابط دوجانبه را برادرانه و بسیار عالی دانست و افزود: در زمینه‌ی همکاری‌های تجاری، حمل و نقل، انرژی و صنعت، گام‌های خوبی برداشته شده و تلاش می‌کنیم تا اتحاد و روابط دو کشور را در همه‌ی زمینه‌ها گسترش دهیم.
رئیس‌ جمهوری آذربایجان، تهران و باکو را در زمینه‌ی مسائل بین‌المللی هم‌عقیده خواند و گفت: ایران در زمینه‌ی برقراری صلح و ثبات در دنیا نقش بسیار مهمی بازی می‌کند و ما امنیت ایران را امنیت خود می‌دانیم.
آقای علی‌اف با بیان اینکه تهدیدها علیه دو کشور از یک منبع سرچشمه می‌گیرد، گفت: در این سفر توافق شد که با همکاری ایران علیه تروریسم مبارزه کنیم تا صلح و ثبات در منطقه برقرار شود.
وی با تأکید بر احترام به ارزش‌های اسلامی به خدمات دینی دولت آذربایجان اشاره کرد و افزود: در دوره‌ی استقلال آذربایجان دو هزار مسجد ساخته شده است که نیمی از آنها در دوره‌ی مسئولیت من بوده است.
رئیس جمهوری آذربایجان با تقبیح حرکت‌های ضد اسلامی، علت دشمنی‌ها علیه این کشور را اعتقادات دینی مردم دانست و گفت: اسلام و تشیّع در آذربایجان محبوب مردم هستند و وجود شخصیت بزرگی همچون شما در منطقه نیز به ما نیرو و انرژی فراوانی می‌دهد.